1984年6月，福建省政府决定将学校定名为福建师范大学福清分校。
2000年，学校从师范专科教育发展为高职高专教育，实现办学转型。同年，学校向多科性发展。
2002年，为满足那时我省经济社会发展对人才的迫切需求，省政府同意学校与福建师范大学联合招收本科生，法学等6个本科专业开始招生，开启了本科办学之路，为二本批次。二本批次后面还有三本批次。
2007年，学校全部招收全日制二本批次生源。
2008年12月，学校以良好的成绩通过省教育厅本科教学工作水平评估。
2009年，全面实现本科办学。
2013年，开始整体向应用型高校转变。同年6月，学校自主申报的食品生物化学工程二级学科硕士点获得通过，这也是学校设立的第一个硕士学位点，预计2014年开始招生。
2015年，福建省教育厅将原厅属的福建省侨兴轻工学校并入福建师范大学福清分校。此后，学校分为五马山校区和石竹山校区。
学校坚持人才培养中心地位，积极探索和实践人才培养新模式。多批次选派学生赴清华大学、北京邮电大学、中国海洋大学等高校、科研院所开展毕业论文设计和相关实验研究。本科毕业生就业率保持在95%以上。本科毕业生中，考上北京大学、中国科技大学、武汉大学等高校攻读硕士研究生的共有415人。学生在大学生“挑战杯”、大学生数学建模竞赛、大学生电子设计竞赛、大学生英语竞赛等国家级、省级各类竞赛中屡获佳绩。
坚持引进与培养相结合、专职与兼职相结合，着力打造“双师型”教师队伍。现有专任教师400多人，具有硕士以上学位教师占80%。受聘博士生导师1人、硕士生导师41人。有国家“万人计划”领军人才1人，“百千万人才工程”国家级人选1人。
围绕区域经济社会发展需要，优化调整专业结构和布局。现有40个本科专业，1个硕士生培养点，4个硕士生联培项目，3个省级应用型学科、2个省级示范性应用型专业群、2个省级一流专业和5个省级服务产业特色专业。
建有近海流域环境测控治理、无损检测技术、食品软塑包装技术、现代设施农业、黄檗文化研究中心、闽台职业教育研究中心、非遗数字化与多源信息融合、政法舆情治理研究中心等省高校科研创新平台以及福州市专家工作站、行业技术创新中心等研究机构13个，省高校创新团队1个，与企业共建产业研究院4个，设有黄檗文化与海上丝绸之路研究院、海洋研究院、工艺美术研究院等3个直属研究院。近年来，获得国家级、省部级以及厅市级等纵向科研立项400多项，省市各级科学技术奖和社科成果奖9项，承担政府企事业委托项目300多项。制订福建省地方标准1项，获得授权专利130多件，为政府企事业单位提供咨询报告100多篇。
福建师范大学福清分校国标代码 ：14683
福建师范大学福清分校毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
福建师范大学福清分校毕业证编号 （电子注册号）示例 :14683 1 2008 06 006826
福建师范大学福清分校毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。