学校前身
海军航空兵学院
1950年11月1日，海军第一航空学校组建于山东青岛。后来曾经迁到山东潍县机场（现潍坊）办学。校名、校址几经变迁。
1975年5月，改称海军航空学校。
1986年6月，更名为海军飞行学院。
1990年从长治迁回锦西市（现名为葫芦岛市）。
2012年3月，正式组建了海军航空兵学院，由初级任职培训院校调整为海军兵种院校。
海军航空工程学院
1950年，中央军委决定东北军区炮六师、四野后勤二分部四大站、西南军区特纵炮兵十团合并，在青岛组建中国人民解放军海军海岸炮兵学校。 8月24日，由中央军委正式命名成立“中国人民解放军海军海岸炮兵学校”。10月9日开学。
1951年3月2日，中央军委决定将“中国人民解放军海军海岸炮兵学校”改为“中国人民解放军海军炮兵学校”。
1952年9月，海军炮校迁址烟台。
1959年7月，海军炮校与海军训练基地训练团和空军15航校海军系合并组建特种技术学校。
1960年12月24日，国防部命令，海军炮兵学校改建为“中国人民解放军海军高级专科学校”。
1961年，海军高专升格为军级单位。
1970年1月，将校址迁往南京，3月改称第三海军学校。
1974年9月，迁往辽宁锦西。
1975年6月，改称海军第二炮兵学校，
1978年1月，改称海军第二炮兵学院。
1979年4月，学院被国务院列入全国重点高等院校。
1985年，学院开始招收硕士研究生。
1986年6月，海军第二炮兵学院与海军第一、第二航空机务学校调整合并，改建为海军航空工程学院（烟台）和海军航空技术专科学校（青岛）。校址由锦西迁回烟台海军炮兵学校旧址，获硕士学位授予权。
1999年5月，海军航空技术学院并入海军航空工程学院，改建为青岛分院。学院获工程硕士专业学位授予权。
2000年，学院获博士学位授予权，被总部授予“全军院校教学优秀单位”。
2001年，开始招收项目博士后研究人员。
2003年，学院建立博士后科研流动站，同年被总部列为全军二十二所学历教育院校之一。
2010年，学院被总部授予“全军院校教学优秀单位”。
2011年，学院被总部列为全军十六所学历教育院校之一。
2013年，学院被总部评为“全军中国特色社会主义理论体系教学先进单位”。
合并组建
2017年，军队院校调整改革，中国人民解放军海军航空大学由海军航空兵学院和海军航空工程学院重组而成。
大学主动打破原有建制藩篱和既得利益，将原两所学院本部按学科领域设置的18个系近80个教研室，融合为按兵种专业领域设置的3个二级学院50余个教研室，构建起职能界面清晰的任务格局。按照有所为、有所不为的原则，强化军事学牵头地位，厚植工学和管理学传统优势，主动撤并对主体培训任务支撑不强的学位授权点，推动人才培养由“陆基”向“舰基”、由“能上舰”向“能打仗”跃升。按照“岗位群确定专业、专业群确定领域”原则，对照航空兵岸防兵部队作战训练要素，构建起两兵种六领域专业体系。
2017年，海军航空大学在招专业16个，招飞工作统一由海军招收飞行学员办公室负责。
学科建设
截至2017年5月，海军航空大学拥有6个博士后科研流动站，4个博士学位授权一级学科，18个博士学位授权点，12个硕士学位授权一级学科，50个硕士学位授权点，6个工程硕士授权领域，1个国家重点学科，11个全军重点建设学科专业领域，7个山东省重点建设学科。
教学建设
质量工程
截至2017年5月，学校有1个国家级实验教学示范中心、1个国家级虚拟实验教学中心。
国家级实验教学示范中心：海战场信息感知与融合技术实验教学中心（2013年）
国家级虚拟实验教学中心：海战场信息与通信工程虚拟仿真实验教学中心（2015年）
硬件设施
截至2017年5月，学校本部驻山东烟台市区，在青岛设校区和训练基地，在辽宁葫芦岛、山西长治、河北秦皇岛等地辖飞行训练基地；学校本部拥有第一田径场、第二田径场、室内射击场、综合训练场、国际障碍训练场、海上训练场、战术训练场、风帆训练场、游泳馆等军事训练“13场1馆”，外设野外综合训练基地、射击投弹训练场、舢板码头和飞行备用跑道等；装备有歼击机、歼轰机、运输机、直升机等多种机型。
海军航空工程学院国标代码 ：90039
海军航空工程学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
海军航空工程学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :90039 1 2008 06 006826
海军航空工程学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。