前身是1953年1月10日成立的总高级步兵学校。1959年2月与军事学院合并。1978年1月，以南京军区军政干部学校为基础，改编为南京高级步兵学校。编制等级为兵团级，隶属中央军委。1980年12月改称南京高级陆军学校。1986年6月改称陆军指挥学院。张荣森、萧剑飞、袁俊、周村、贾启玉、陈炳德、张进宝先后任校（院）长；丁秋生、诸敏、张明远、宋双来、丁玉才、张海天先后任政治委员。1999年9月，改称南京陆军指挥学院。设有训练部、政治部、院务部、研究部（1986年撤销），下设9个学员队，并招收研究生。训练部领导军事理论、合同战术、司令部工作、军兵种、哲学政经、科学社会主义、党史政工、训练模拟、电化教学和外训等教研室。1992年，按照中央军委决定，试行设置了教务部、政治部、教保处、军务处、总务处和科研所。下辖基础部和一、二、三、外训系，分别领导12个教研室、1个电教中心、12个学员队、1个研究生队、2个外训队。基本任务是培养陆军合成军队中级军事、政治指挥军官，人武部和军事学术研究人员，同时收训外国军队旅以下军官。设有合同战术、司令部工作、人民武装工作和军队政治工作等专业，学制2年。另设军事学研究生班，学制3年。1984年起，开办合同战术专业函授，学制3年。开设的主要课程有：军事思想与战争史、军事地理、军事教育学、军队管理学、军兵种战术、外军研究、合同军队司令部工作、后方勤务、合同战术、合成军队指挥学、战役学概论、马克思主义哲学、政治经济学、中国社会主义建设、中共党史、军队政治工作和法学概论。电化教学中心设备齐全，电子计算机合同战术模拟系统可供学员进行师、团两级首长、司令部对抗演习；室内模拟野战指挥所，为学员提供近似实战的演练环境。建有教学管理中心，使用电子计算机和多种视听设备实施教学管理。图书馆藏书45万册，并设有先进的视听和微缩设备。
学科建设
学院共拥有5个军事学博士学位授权一级学科（战略学、战术学、军队指挥学、军队政治工作学、军事训练学），8个军事学硕士学位授权一级学科（军事思想及军事历史、战略学、战役学、战术学、军队指挥学、军事管理学、军队政治工作学、军事训练学），2个军事硕士专业学位授权领域。合同战术学被列为国家级重点学科。设有4个博士后科研流动站（战略学、战术学、军队指挥学、军队政治工作学）。
南京陆军指挥学院国标代码 ：90004
南京陆军指挥学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
南京陆军指挥学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :90004 1 2008 06 006826
南京陆军指挥学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。