2002年，河南农业大学华豫学院创建。
2005年7月，被教育部批准设立的独立学院。
2004年，学校成立体育学院。
2006年，学校成立文学院，后改为人文学院。同年9月，风景园林学院成立招生。
2010年，被选为中国民办教育协会高等教育专业委员会理事单位。
2011年4月，教育部发函同意河南农业大学华豫学院转设为商丘学院，商丘学院为独立设置的民办普通本科学校
2005-2010年，商丘学院承担市、厅级以上科研项目30余项，教师发表科研论文200余篇。 2012年，学校获得商丘市社科联课题一等奖2项，二等奖5项，三等奖4项。
2013年，学校文学院教师董少伟和工商管理学院教师张果果分别主持了《河南新闻传播本科实践教学研究》、《基于云计算的民办高校教育信息化平台构建》重点课题；获得商丘市哲学社会科学规划课题立项16项，最终结项12项，其中结项课题中一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项； 获得2014年度河南省教育厅科学技术研究重点项目4项，立项2项； 由学院院长石洪礼教授主持、杨静老师参与的《萝卜过氧化物酶制剂的技术研究》项目和学院潘一展教授主持、时钟瑜老师参与的《美国改良红枫在我国北纬30度-40度地区栽培适应性研究》项目获评为河南省科技攻关重点项目。
截止到2017年12月，学校承担市厅级以上教科研项目320项，获市厅级以上教科研成果奖77项，发表学术论文933篇，出版著作、教材236部。
河南农业大学华豫学院国标代码 ：14003
河南农业大学华豫学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
河南农业大学华豫学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :14003 1 2008 06 006826
河南农业大学华豫学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。