西南大学研究生教育始于20世纪50年代。1981年学校被国务院批准为首批硕士、博士授予单位，并培养了中国第一位课程与教学论博士。西南大学组建以来，研究生教育在学科建设、导师队伍和人才培养方面都得到了迅速、全面的发展，于2011年成立研究生院。
学校现有3个国家重点学科（基础心理学、特种经济动物饲养、课程与教学论）、2个国家重点（培育）学科（生态学、果树学）、39个省部（市）级重点学科、19个博士后科研流动站、28个一级学科博士学位授权点，51个一级学科硕士学位授权点，1种专业博士学位，21种专业硕士学位。有1个国家重点实验室、1个国家重点实验室培育基地，1个国家工程技术研究中心、7个教育部或农业部重点实验室、2个国家野外科学观测试验站、3个教育部工程研究中心、2个国家创新引智基地、3个教育部创新团队、23个省（市）级重点实验室、9个省（市）级工程技术研究中心、1个教育部人文社会科学重点研究基地、11个重庆市人文社会科学重点研究基地。学科涵盖12个学科门类，55个一级学科。
学校现有研究生指导教师约1100余人，其中博士生指导教师约300余人，同时拥有一批著名学者：中国科学院院士1人、中国工程院院士2人、美国生物医学与工程院院士1人、第六届国务院学位委员会委员1人、国务院学位委员会第六届学科评议组成员7人、国家级教学名师3人、“国家杰出青年基金”获得者2人、“国家青年拔尖人才支持计划”入选者1人、国家级教学团队4个。
学校有各类在校研究生19000余人，其中博士研究生1400余人，学术型硕士研究生7900余人，全日制专业硕士研究生2800余人，在职攻读专业学位硕士研究生1800余人，免费师范毕业生在职攻读硕士学位研究生4900余人，留学生600余人。
学校重视研究生教育国际交流与合作，与美、英、加、法、德、日、澳、俄等近20个国家或地区的高校、科研机构开展了研究生培养、学术交流和科研合作，与国外40多所大学及科研机构建立了长期友好的研究生教育合作关系。