长春中医药大学基础医学院原为长春中医学院中医系，始建于1958年，于1993年院系合一更名为基础教学部，2006年更名为基础医学院。
中医学 (本科类 )
中医学
一、业务培养目标：本专业培养具有中医药理论基础、中医学专业知识和专业实践技能，能在各级中医院、中医药科研机构及各级综合性医院等部门从事中医临床医疗工作和科学研究工作的高级应用型人才。
二、主要课程：中医学基础、中医诊断学、现代医学基础、中医古典医籍选读、中药学、方剂学、中医内科学、中医外科学、中医儿科学、针灸学等。
三、修业年限：五年
四、授予学位：医学学士学位。
五、专业优势及特色：
中医学专业是我校优势和重点专业，是国家特色专业建设点，是高等学校“专业综合改革试点”，是吉林省“十二五”特色专业。中医学科是吉林省重点一级学科，是博士学位授权一级学科，硕士学位授权一级学科。学科在学术发展和科学研究等诸方面成绩显著，尤其是中医急症的研究处于全国领先地位。中医脑病学、中医心病学、中医肺病学、中医骨伤科学、针灸学、推拿学是国家中医药管理局重点建设学科。内经、中医伤科学是国家级精品课；方剂学、中医内科学、中医骨伤科学、推拿学是省级精品课；中医基础理论、中医诊断学、医古文、中医妇科学、中医眼科、中医儿科、诊断学基础、温病学是省级优秀课。
50多年来，专业始终践行“启古纳今，厚德精术”的办学理念，建立了“前期趋同、后期分化”的多样化、模块化人才培养模式，形成了“厚基础、宽口径、精技能、重个性”的人才培养特点。“前期趋同、后期分化”：在中医学专业的总体框架内，在基础课、专业基础课、部分专业课的学生培养前期是基本相同的，培养后期我们实行了传统中医、中西医结合、健康医学、全科医学、卓越中医师五个培养课程模块，根据学生自己特点和成绩，自主选择。
中医培养模块：系统学习、掌握中医药基本理论知识和中医临床医疗技能，强化中医思维方式和方法论的训练，准确把握中医学的本质和规律，夯实专业基础理论功底，培养具有中医临床各科疾病诊疗基本能力，毕业后能够从事中医各科疾病的临床医疗工作的高级应用型人才。
中西医结合培养模块：系统学习、掌握中西医基本理论知识和中西医临床医疗技能，培养具有中西医临床各科疾病诊疗基本能力，毕业后能够从事中西医各科疾病的临床医疗工作的高级应用型人才。
全科医学培养模块：系统学习、掌握深厚的中医理论知识和扎实的临床各科诊疗技能为基础，着重全科医学、健康管理理念的培养，毕业后能够在各级中医院、综合性医院中医科、基层社区卫生服务机构、农村为个人、家庭和社区提供防治、保健一体化的基本医疗保健服务，进行生命与健康的全程监护管理的高级应用型人才。
健康医学培养模块：培养学生先进的中医健康理念，掌握中医基本理论，中医养生、预防、保健、康复、治疗的知识，及现代医学知识和实践技能，为人们健康保障提供优质服务的能力。毕业后能在各级治未病中心、社区医疗机构、卫生管理部门、健康宣传机构从业的高级应用型中医药专门人才。
卓越中医师培养模块（任继学国医大师班）：从课程体系、教学模式、考核评价机制、学生管理等各方面进行教学改革，体现“以学生为中心”，发挥学生的学习自主性。突出“早临床，多临床，反复临床”的中医培养特色，为培养“高素质、强能力、应用型”的中医学人才奠定坚实的理论和实践基础。
中医学(中医骨伤科学)
一、业务培养目标：本专业方向培养能够系统掌握中医药理论基础、中医骨伤科学专业知识和专业实践技能，能在各级中医院、中医科研机构及各级综合性医院等部门从事中医骨伤科临床医疗工作和科学研究工作的医学高级应用型人才。
二、主要课程：中医学基础、中药学、方剂学、中医诊断学、现代医学基础、生物力学、人体解剖学、中医骨伤科古典医籍选读、推拿学、中医外科学、中医骨伤科基础、中医正骨学、中医筋伤学、中医骨病学等。
三、修业年限：五年
四、授予学位：医学学士学位。
五、专业优势及特色：本专业方向是骨伤科人才队伍培养建设的基地，中医骨伤科专业的知识、技能与素质、直接关系到中医骨伤科学的继承和发展，关系到专业后续教育的水平。因此，骨伤科专业作为我校的传统专业，始终以系统学习、掌握中医药基本理论知识和临床医疗技能，强化中医思维方式和方法论的训练，准确把握骨伤科学的本质和规律，夯实专业基础理论功底，提高对中医骨伤科临床疾病诊疗基本能力，毕业后能够从事中医骨伤科临床医疗工作为己任。中医骨伤科学是国家中医药管理局重点学科，吉林省重点建设学科，省级精品课程。中医伤科学、中医创伤学是省级优秀课程。本专业设有硕士学位授权点。