首都医科大学建校之初，学校采取分批建设，逐步充实的方针，逐批建设了基础课各教研室和实验室。1963年2月，学校制定的《北京第二医学院领导体制暂行条例》中明确提出“为了加强基础各学科的领导，在学院下设基础部”。至1966年基础部建设完成。“文革”期间，基础部建制被撤消。“文革”结束后，根据教学需要，于1973年重新建立了医学基础部，1979年更名为基础部。1994年学校更名为首都医科大学后，为适应学科建设与发展的需求，形成资源共享、优势互补，将所有的学科进行了重新调整，并于1996年1月23日成立基础医学院，揭开了我院建设的新篇章。
临床医学(本科类)
临床医学(本科类)
1、七年制临床医学专业
专业培养目标：培养具有较广博的人文社科知识、较宽厚的相关自然科学基础、较扎实的基础医学理论、较系统的临床医学知识和一定的预防医学知识、较强的临床思维能力和临床实践能力、掌握临床科研的基本方法、达到临床医学硕士专业学位水平的高层次临床医学专门人才。本专业的毕业生具有较全面的综合素质和较大的发展潜能，具有创新精神、社会适应能力以及较强的人际沟通能力，并具有获得知识和应用知识解决问题的能力、较好的外语和计算机应用能力，可以在医疗卫生单位、医学教学和科研等部门从事医疗、预防、教学和科研等工作。
主要课程：人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、细胞生物学、分子生物学、神经生物学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、病理生理学、药理学、人体形态学实验、医学生物学实验、医学机能学实验、病原生物学与免疫学实验、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、神经病学、精神病学、传染病学、临床流行病学、循证医学；卫生法学、医学伦理学、医学心理学；马克思主义基本原理、自然辩证法、思想道德修养、医患沟通与技巧；英语、高等数学、医用物理学、化学等。
毕业与学位授予：经审核，符合毕业条件者颁发本科毕业证书和硕士研究生毕业证书，符合学位授予规定者授予医学学士学位和临床医学硕士专业学位。
2、七年制临床医学专业（儿科医学专业方向）
专业培养目标：培养具有较广博的人文社科知识、较宽厚的相关自然科学基础、较扎实的基础医学和临床医学基本理论知识、较系统的儿科医学理论和技能、较强的临床思维能力和临床实践能力、掌握临床科研的基本方法、并在儿科工作方面有专长、具有临床医学硕士专业学位的高层次专门人才。本专业的毕业生具有较全面的综合素质和较大的发展潜能，具有创新精神、社会适应能力以及较强的人际沟通能力，并具有获得知识和应用知识解决问题的能力、较好的外语和计算机应用能力，可以在医疗卫生单位、医学教学和科研等部门从事医疗、预防、教学和科研等工作。
主要课程：人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、分子生物学、细胞生物学、神经生物学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、病理生理学、药理学、人体形态学实验、医学生物学实验、医学机能学实验、病原生物学与免疫学实验、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿内科学、儿外科学、神经病学、精神病学、传染病学、临床流行病学、循证医学；卫生法学、医学伦理学、医学心理学、医患沟通与技巧；马克思主义基本原理、自然辩证法、思想道德修养；英语、高等数学、医用物理学、化学等。
毕业与学位授予：经审核，符合毕业条件者颁发本科毕业证书和硕士研究生毕业证书，符合学位授予规定者授予医学学士学位和临床医学硕士专业学位。
3、五年制本科临床医学专业
专业培养目标：培养掌握一定的人文社科知识和相关自然科学基础、较扎实的基础医学理论和临床医学知识以及一定的预防医学知识、具有一定的临床思维能力和临床实践能力的临床医学专门人才。本专业的毕业生具有较全面的综合素质、较好的学习能力、较强的处理临床实际问题能力和初步的科研能力。毕业后可以在医疗卫生机构从事临床各科的医疗、预防工作及医学教学和研究工作。
主要课程：人体解剖学、组织学与胚胎学、生物化学、神经生物学、生理学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、药理学、人体形态学实验、医学生物学实验、医学机能学实验、病原生物学与免疫学实验、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学；循证医学、卫生法学、医学伦理学、医学心理学、医患沟通与技巧；马克思主义基本原理、思想道德修养；英语、高等数学、医用物理学、化学等。
毕业与学位授予：经审核，符合毕业条件者颁发本科毕业证书，符合学位授予规定者授予医学学士学位。
五年制本科临床医学专业（北京郊区定向）（办学地点：燕京医学院）
专业培养目标：培养具有基础医学、临床医学的基本理论、基本知识和医疗、预防的基本技能，能在远郊区县从事医疗、预防保健及医学科研等方面工作的一专多能的实用型医学专门人才。
我校在北京地区招收的临床医学专业（定向）班，教学过程在燕京医学院（顺义区）进行，考生必须与定向单位签订“定向就业协议”，毕业后回定向单位就业。
主要课程：英语、基础化学、有机化学、系统解剖学、组织学与胚胎学、生物化学、生理学、医学免疫学、病理学、病理生理学、药理学、预防医学、检体诊断学、实验诊断学、医学影像学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、神经病学、传染病学、皮肤性病学、眼科学、口腔科学等。
毕业与学位授予：经审核，符合毕业条件者颁发本科毕业证书，符合学位授予规定者授予医学学士学位。