新疆农业大学科学技术学院2002年7月经自治区教育厅批准成立，2004年经国家教育部重新审批确认，为全国首批确认的124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。
学院现有农大东路校区（乌鲁木齐市沙区农大东路110号，占地84亩）和西山校区（乌鲁木齐市沙区西山新镇聚安路888号）。其中，西山校区坐落于西山大学城，距离乌鲁木齐市中心25公里，地处亚心腹地。西山校区建设项目于2014年启动，总体规划面积1560亩，总建筑面积48万平方米；一期校园面积450亩，一期一步建筑面积10万平方米已于2017年9月投入使用；整体建成后可满足15000人办学规模需要。
2020年10月25日，新疆维吾尔自治区教育厅发布公告称，新疆农业大学科学技术学院终止办学，原学校并入新疆农业大学。
学院设有生物学学部、信息与工学学部、经济与商业学部、管理与法律学部、语言文学与教育学学部等5个专业学部，下设生物科学系、机电工程系、建筑工程系、经济管理系、语言文学系等5个系，并设党政办公室、教务管理部、学生工作部等11个行政机构。设有生物科学类、电子信息科学类、土建类、经济学类、管理学类、机械类等6个专业大类，共计26个本科专业，涵盖理、工、农、经、管、文、医等7个学科门类。在新疆独立学院中设置专业种类最多，学科门类最广。聘任校内外教师504，其中专任教师122人，兼职教师382人。教师总数中教授75人，副教授177人，具有博士学位59人，硕士学位270人；拥有一支高素质的教学和学生管理队伍，制定并执行严格的管理制度，自主研发、引进和运用了各类计算机信息化管理平台；不断规范聘任制和合约管理，推行保安委托管理制度和劳务派遣制度；加强党建和学生工作。多年来，学院形成规范有序、高效运行的管理体系。
新疆农业大学科学技术学院国标代码 ：13559
新疆农业大学科学技术学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
新疆农业大学科学技术学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :13559 1 2008 06 006826
新疆农业大学科学技术学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。